Wenn man einen Custom Post Type selbst registriert, sind die Taxonomien denen er zugeordnet wird, ein eigenes Argument (entweder in der Registrierung des Post Types ('taxonomies' => array('category'),) oder der Taxonomy (register_taxonomy( $custom_taxonomy, array($post_types), $args );). Außerhalb der Registrierung des Post Types (oder einer Taxonomy) funktioniert die Zuordnung von Taxonomy zu Post Type über die Funktion register_taxonomy_for_object_type();

builtin Taxonomies einem Custom Post Type zuordnen

register_taxonomy_for_object_type( 'category', $custom_post_type );
register_taxonomy_for_object_type( 'post_tag', $custom_post_type );

Custom Taxonomy einem builtin Post Type zuordnen

register_taxonomy_for_object_type( $custom_taxonomy, 'post' );